在口袋妖怪漆黑魅影中，要上船首先需要到港口区域。在港口区域中，有一艘名为“航海家号”的船，玩家需要找到这艘船并接近它。接近船后，屏幕会出现提示让玩家按下“B”键即可上船。上船后可以选择要前往的目的地，船会自动带玩家到目的地。需要注意的是，在旅途中可能会遭遇野生口袋妖怪的袭击，玩家需要准备好自己的宠物进行战斗。
口袋妖怪漆黑魅影中，要上船需要完成游戏的前几个场景，包括地下城、电子城、管家之家等等，直到到达游戏中的“海角镇”，进入镇上的码头，找到海军代表和海军船员对话，听完他们的话后，就可以上船了。在船上需要打败一系列的训练师，最终到达目的地，完成任务。
